Ben hormis le PNG, je ne vois pas trop, le gif ne gère que la transparence totale, c'est transparent ou pas, mais pas de gestion de niveaux comme le PNG...
Le PNG n'est pas géré par IE6, à partir de IE7, ça roule...
Si la couleur de ton site est unie, tu peux réaliser ton image en PNG ou JPEG sur un fond de même couleur que le fond du site, sans transparence.